Il passaggio dall'Ottocento al Novecento costituì un vero e proprio punto di svolta nella storia delle idee, è infatti il decennio in cui Russel pubblica I principi della matematica (1903), in cui Einstein formula la teoria della relatività ristretta (1905) e in cui Wegener dà luce al suo primo articolo sulla tettonica a zolle (1912). Non da meno Freud nel 1899 pubblica L'interpretazione dei sogni, tra le sue opere quella che di sicuro ha raggiunto la maggiore notorietà, e che esprime la più famosa e fondata teoria sul significato dei sogni mai formulata. Nell'anno della pubblicazione di quest'opera, Freud, con sua enorme soddisfazione, viene nominato professore straordinario, e tre anni dopo alcuni giovani medici, si avvicinarono a lui desiderando imparare, esercitare e diffondere la psicoanalisi. Tra essi vi era anche Max Graf, il cui figlio di 5 anni diventerà famoso come "il piccolo Hans", uno dei casi clinici più noti e straordinari di Freud, l'esempio più evidente di complesso edipico. Nel momento in cui Freud pensa di aver raggiunto un punto essenziale della sua ricerca, accettò dunque di avere dei discepoli; il gruppo si riuniva a casa sua ogni mercoledì sera, e prese il nome di "Società del mercoledì sera", gruppo che costituisce un primo nucleo dell'associazione freudiana. All'interno delle riunioni erano quasi un rituale caffè, sigari e dolci. Si trattava di un autentico incontro aristocratico, che rappresentava un vero e proprio laboratorio di idee; durante la serata si toccavano gli argomenti più svariati, dalla filosofia alla letteratura, dalla mitologia antica alle malattie psichiche e mentali, in particolar modo soffermandosi sui fenomeni isterici. Ricorda Graf: "Dopo un quarto d'ora di scambio di idee, iniziava la discussione. L'ultima parola spettava a Freud. In quella stanza regnava un'atmosfera di fondazione di una religione. E Freud ne era il profeta, che faceva apparire superficiali i metodi di indagine psicologica finora adottati".

Carl Gustav Jung

Tra tutte la persone che erano rimaste fortemente impressionate da L'interpretazione dei sogni c'era anche Jung, con cui Freud inizia ben presto a scambiare lettere, scritti ed estratti. Il 3 marzo 1907, Jung fa la sua prima visita a Freud: il lungo colloquio rappresenta l'inizio di una grande amicizia e collaborazione tra i due, basata su una stima reciproca. Come aveva fatto con Fliess, Sigmund idealizza Jung, immettendo inconsapevolmente nel rapporto con lui tutta una serie di richieste narcisistiche. Nella loro fitta corrispondenza Jung aveva commentato tutto il suo trasporto per Freud: 

"E' vero - devo confessarGlielo con riluttanza - io L'ammiro senza riserve, come uomo e come studioso, non La invidio coscientemente... la mia venerazione per Lei ha un carattere quasi "religioso" - passionale che non provoca in me molestie d'altro genere, no, ma che mi riesce disgustoso e ridicolo per via del sottofondo inconfondibilmente erotico. Questa sensazione orribile deriva dal fatto che da ragazzo ho subito un attentato omosessuale da parte di un uomo prima venerato." (lettera da Zurigo del 28 ottobre 1907)

Jung è dunque contrastato da una  serie di sentimenti ambivalenti e fortemente contrastanti che daranno origine all'accusa di autoritarismo esplicitata nella celebre lettera del 18 dicembre 1912, in cui Freud viene rimproverato di mancanza di umiltà nel sottoporsi ad un'analisi personale.

"Lei punta il dito su tutte le azioni sintomatiche che coglie nella Sua cerchia, e così facendo abbassa a livello di figlio e figlia tutti colori che Le stanno intorno, i quali riconoscono in sé arrossendo la presenza di tendenze erronee. E intanto Lei se ne sta sempre ben assiso in alto in veste di padre".

Quest'accusa violenta fu l'inizio della traumatica separazione tra i due; Freud sopportò a lungo lo scalpitare dell'amico, troppo spaventato dal pensiero di perdere un rapporto in cui troppo aveva investito. Nonostante i ripetuti tentativi di Freud per salvare l'amicizia, la scissione tra i due era ormai imminente. Dopo qualche forte oscillazione la rottura con Jung matura e si consuma prepotentemente, fino a giungere alla definitiva separazione nel 1913. Non solo Jung prese strade diverse da Freud, ma anche molti tra coloro che erano stati in quegli anni suoi grandi seguaci e sostenitori, lentamente cominciarono a scindersi dal suo pensiero psicoanalitico e interruppero più o meno violentemente i rapporti con lui. Questo fu per Freud motivo di un grande trauma, che gli causò gravissimi disagi emotivi.

Freud con i figli Ernst e Martin a Salisburgo (1916)

Nel 1914 scoppiò la prima guerra mondiale. Questo conflitto provocò reazioni profonde anche sull'animo di Freud. Molti dei suoi colleghi vennero arruolati, altri si dispersero. I suoi figli maschi (Oliver, Ernst e Martin) vennero chiamati alle armi, e mentre i primi due combatterono per tutta la durata della guerra, il terzo, inizialmente dato per disperso, risultò essere stato fatto prigioniero in Italia. Il numero dei pazienti nel frattempo si era inevitabilmente ridotto, e lo sviluppo della psicoanalisi procedeva a ribasso.  Soltanto con la sconfitta degli Imperi centrali, e quindi con il ritorno della pace, la situazione si risollevò, e anche le sorti della psicoanalisi sembrarono riprendersi, anche se le devastanti conseguenze del dopoguerra, in primo luogo la fortissima inflazione, avevano totalmente prosciugato le risorse finanziare di Freud. Nel 1918, la potente macchina da guerra del Kaiser era sull'orlo di un imminente crollo e la pace sembrava realmente vicina. Freud si tuffò in una vera e propria furia produttiva; nell'arco di due anni pubblicò tra le varie opere anche l'introduzione al libro Psicoanalisi delle nevrosi da guerra, Il perturbante, Al di là del principio del piacere e Complementi alla teoria del sogno. Nel 1921 condusse a termine il saggio Psicologia delle masse e analisi dell'Io, con cui tenta di porre le basi psicoanalitiche per la psicologia dei processi che stanno alla base dei comportamenti della massa.

Nello stesso anno del completamento e della pubblicazione di L'Io e l'Es muore suo nipote, il figlio di Sophie, e gli viene diagnosticata una grave forma di tumore alla parte destra del palato. Egli non si riprenderà mai più dalla scomparsa del nipotino cui era particolamente affezionato. Scrive, in una lettera all'amico Binswanger:

"Certo, sappiamo che il lutto acuto dopo una tale perdita passerà, ma resteremo inconsolabili, e non troveremo mai un sostituto. Tutto ciò che può subentrare, se anche riempisse il vuoto, non sarebbe mai la stessa cosa. E a dire il vero è giusto che sia così. E' l'unico modo per perpetuare l'amore..."

Come se non bastasse gli venne annunciata la morte del figlio maggiore. Freud cadde in uno stato di depressione profonda, ma nonostante ciò continuò a lottare con tenacia e straordinaria forza d'animo contro la malattia che avanzava di giorno in giorno. Nei mesi seguenti, dopo un primo intervento, venne operato altre 32 volte! In questo periodo gli era praticamente impossibile parlare e nutrirsi. Gli venne applicata una protesi di considerevoli dimensioni alla mascella e alla parte destra del palato, che aveva la funzione di separare la bocca dalla cavità nasale. Lottò fino alla fine della sua vita con i dolori atroci causati dall'applicazione della protesi. Nemmeno in questa grave situazione riuscì ad astenersi completamente dal fumare che, come abbiamo precedentemente detto, era  una dipendenza troppo forte da sopraffare. Era inoltre violentemente scosso da una serie di tic nervosi. Le sue condizioni fisiche erano decisamente pessime, ma nonostante ciò non si lamentò mai del dolore che lo tormentava. Fu con la stessa dignità morale, che preservò fino alla morte, che resistette alle prime, reali provocazioni antisemitiche.

La Germania di Hitler è alle porte, e le origini ebraiche di Freud cominciano a costituire un serio problema. Nel 1930, dopo aver vinto il premio Goethe, il suo nome entra nella lista nera degli autori di opere che devono essere mandate al rogo. E' un secolo di cultura tedesca gettato in fiamme. Freud perde quattro sorelle nei campi di concentramento nazisti. La situazione comincia ad aggravarsi seriamente a partire da quando l'Austria viene annessa al Terzo Reich, nel 1938. Freud accetta di lasciare Vienna soltanto quando la figlia Anna viene sequestrata dalla Gestapo; fino ad allora aveva freddamente resistito ad ogni genere di provocazione e minaccia da parte delle S.A.

Il 14 giugno, accompagnato da Martha e da Anna, che nel frattempo era stata rilasciata, Freud parte per Londra, facendo una breve sosta a Parigi, accolto con la massima ospitalità. Arrivato a Londra prende subito casa in un bel quartiere della città, zona che diventerà sede di centri psicoanalitici tra i più importanti al mondo, in primis quello dove lavorerà, anni dopo, la stessa Anna Freud.

La casa di Londra dove Freud morirà il 23 settembre 1939

La piaga cancerosa peggiora di giorno in giorno, causandogli dolori spasmodici. Il suo medico continua a somministrargli 2 cc. di morfina, ripetendo le dosi fino a che Freud entra in coma. Sigmund Freud, il padre fondatore della psicoanalisi, muore il 23 settembre del 1939 alle tre di notte.
Vorremmo concludere la nostra biografia con questo eccezionale pensiero di Thomas Mann:

"anche se il futuro riplasmerà o modificherà questo o quel risultato delle sue ricerche, mai più potranno essere messi a tacere gli interrogativi che Sigmund Freud ha posto all'umanità; le sue scoperte scientifiche non si possono né negare, né occultare (...) e se mai alcuna impresa della nostra specie umana rimarrà indimenticabile, questa sarà proprio l'impresa di Sigmund Freud."